شرکت‌ها، بانکها و مؤسسات انتفاعی وابسته به دولت مندرج در پیوست شماره (۳) این قانون، مکلفند در اجرای تکالیف قانونی مربوط، حداقل چهلدرصد (۴۰%) از هزینه امور پژوهشی خود مندرج در آن پیوست را در مقاطع سه‌ماهه به میزان بیست و پنج‌درصد (۲۵%)، به حساب خاصی نزد خزانه‌داری کل کشور واریز‌کنند تا در راستای حل مسائل و مشکلات خود از طریق توافقنامه با دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی اعم از دولتی و غیردولتی و جهاد دانشگاهی و حوزه‌های علمیه در قالب طرح(پروژه)های کاربردی، عناوین پایان‌نامه‌های تحصیلات تکمیلی، طرح(پروژه)های پسادکتری و طرح(پروژه)های تحقیقاتی دانش‌آموختگان تحصیلات تکمیلی غیرشاغل به مصرف برسانند. در صورت واریز نشدن وجوه مربوط در موعد مقرر توسط هر یک از شرکت‌ها، بانکها و مؤسسات انتفاعی وابسته به دولت، به خزانه‌داری کل کشور اجازه داده می‌شود رأساً مبلغ مربوط را از حساب آنها نزد خزانه برداشت کرده و آن را به‌حساب خاص موضوع این بند واریز کند. این مبالغ برای دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی و جهاد دانشگاهی مازاد بر درآمد اختصاصی پیش‌بینی‌شده آنها در این قانون محسوب و عیناً پس از تبادل توافقنامه توسط آنها با سازمان برنامه و بودجه کشور و خزانه‌داری کل کشور، توسط خزانه‌داری کل کشور به مؤسسات آموزش عالی یا پژوهشی و یا جهاد دانشگاهی طرف قرارداد برگشت داده می‌شود، به‌طوری‌که تا پایان سال مالی کل مبلغ توافقنامه‌ها تسویه شود. اعتبارات موضوع این بند در دانشگاهها و مؤسسات آموزشی و پژوهشی اعم از دولتی و غیردولتی و فناوری و جهاد دانشگاهی و حوزه‌های علمیه در قالب قراردادهای مشخص هزینه می‌شود. حداقل سهم قابل پرداخت به دانشجویان، پژوهشگران پسادکتری، دانش‌آموختگان پژوهشگر و نیروهای کارورز از مبلغ هر طرح(پروژه) شصت‌‌درصد (۶۰%) است. شرکت‌ها، بانکها و مؤسسات موضوع این بند می‌توانند حداکثر تا ده‌درصد (۱۰%) از مبلغ چهلدرصد (۴۰%) هزینه امور پژوهشی مذکور را از طریق دانشگاهها و مؤسسات پژوهشی اعم از دولتی و غیردولتی وابسته به خود و جهاد دانشگاهی و حوزه‌های علمیه در چهارچوب آیین‌نامه اجرائی این بند هزینه‌کنند. سازمان برنامه و بودجه کشور نسبت به تخصیص صد درصد (۱۰۰%) این منابع، اقدام و وجوه مصرف نشده دستگاه‌های اجرائی را در بودجه‌های سنواتی پیش‌بینی می‌نماید.
آیین‌نامه اجرای این بند شامل سازوکارهای مربوط، چگونگی مصرف و سایر موارد به پیشنهاد سازمان برنامه و بودجه کشور و همکاری وزارتخانه‌های امور اقتصادی و دارایی، علوم، تحقیقات و فناوری، بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، صنعت، معدن و تجارت و جهاد کشاورزی پس از ابلاغ این قانون تهیه می‌شود و به تصویب هیأت ویران می‌رسد.