پناهگاه حیات وحش نایبندان با مساحتی حدود 1500000 هکتار در شمال شرقی استان یزد در شهرستان طبس و در محدوده ارتفاعی 690 تا 3009 متر از سطح دریا واقع شده است. بخش عمده پناهگاه حیات وحش نایبندان دشت بوده که در نزدیکی مناطق کوهستانی چهره استپی به خود می گیرند و با فاصله گرفتن از نقاط کوهستانی چهره بیابانی و بعضا کویری پیدا می کنند. 

این منطقه بر اساس طبقه بندی اقلیمی دومارتن فراخشک بوده و میانگین سالانه دما در منطقه بین 17 تا 21 درجه سانتیگراد و میزان بارندگی بین 70 تا 110 میلیمتر در نوسان است. 

مشکلات و محدودیت های منطقه شامل شکار غیرمجاز، محدود بودن منابع آب، کم بودن نیروی انسانی و تجهیزات برای کنترل و حفاظت محدوده است.