این مبالغ برای دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی و جهاد دانشگاهی مازاد بر درآمد اختصاصی پیش‌بینی‌شده آنها در این قانون محسوب و عیناً پس از تبادل موافقتنامه توسط آنها با سازمان برنامه و بودجه کشور و صندوق شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری، توسط این صندوق به مؤسسات آموزش عالی یا پژوهشی و یا جهاد دانشگاهی طرف قرارداد برگشت داده می‌شود، به‌طوری‌که تا پایان سال مالی کل مبلغ توافقنامه‌ها تسویه شود. اعتبارات موضوع این بند در دانشگاهها و مؤسسات آموزشی و پژوهشی اعم از دولتی و غیردولتی و فناوری و جهاد دانشگاهی و حوزه‌های علمیه در قالب قراردادهای مشخص هزینه می‌شود.
حداقل سهم قابل پرداخت به دانشجویان، پژوهشگران پسادکتری، دانش‌آموختگان پژوهشگر و نیروهای کارورز از مبلغ هر طرح(پروژه) شصت‌‌درصد (۶۰%) است. شرکتها، بانکها و مؤسسات موضوع این بند می‌توانند حداکثر تا ده‌درصد (۱۰%) از مبلغ چهلدرصد (۴۰%) هزینه امور پژوهشی مذکور را از طریق دانشگاهها و مؤسسات پژوهشی اعم از دولتی و غیردولتی وابسته به خود و جهاد دانشگاهی و حوزه‌های علمیه در چهارچوب آیین‌نامه اجرائی این بند هزینه کنند.
آیین‌نامه اجرائی این بند شامل ساز وکارهای مربوط، چگونگی مصرف و سایر موارد به پیشنهاد سازمان برنامه و بودجه کشور و با همکاری وزارتخانه‌های امور اقتصادی و دارایی، علوم، تحقیقات و فناوری، بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، صنعت، معدن و تجارت و جهاد کشاورزی و شورای عالی حوزه‌های علمیه پس از ابلاغ این قانون تهیه می‌شود و به‌تصویب هیأت وزیران می‌رسد.